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为什么有的手机恢复出厂设置了，病毒程序仍然存在手机。
病毒已经入侵到手机系统中，恢复出厂设置是无法解决的，若手机中存在木马或者病毒程序，请尝试按照以下步骤进行清除：
安装一款安全软件（例如：手机管家等）。以手机管家为例，打开手机管家，点击主界面上的一键体检即可自动检测手机中存在的病毒，点击一键清除即可删除。
若是无法开机或无法进行解决请尝试到手机品牌官网下载刷机包和工具对手机进行完整恢复，若无法自行处理请送到手机品牌官方售后进行维修。
手机恢复出厂设置后木马病毒还在吗？
不一定，有些病毒，会插入手机系统的，恢复后还会在的。
尤其是root过的手机，更加容易被侵入系统。
话说root过的手机，要是简单的从设置里恢复出厂，基本会死机的，建议从recovery里双清机器比较靠谱。功能和恢复出厂是一样的。
“木马”与计算机网络中常常要用到的远程控制软件有些相似，但由于远程控制软件是“善意”的控制，因此通常不具有隐蔽性；“木马”则完全相反，木马要达到的是“偷窃”性的远程控制，如果没有很强的隐蔽性的话，那就是“毫无价值”的。
它是指通过一段特定的程序（木马程序）来控制另一台计算机。木马通常有两个可执行
程序：一个是客户端，即控制端，另一个是服务端，即被控制端。植入被种者电脑的是“服务器”部分，而所谓的“黑客”正是利用“控制器”进入运行了“服务器”的电脑。
运行了木马程序的“服务器”以后，被种者的电脑就会有一个或几个端口被打开，使黑客可以利用这些打开的端口进入电脑系统，安全和个人隐私也就全无保障了！ 木马的设计者为了防止木马被发现，而采用多种手段隐藏木马。
木马的服务一旦运行并被控制端连接，其控制端将享有服务端的大部分操作权限，例如给计算机增加口令，浏览、移动、复制、删除文件，修改注册表，更改计算机配置等。
随着病毒编写技术的发展，木马程序对用户的威胁越来越大，尤其是一些木马程序采用了极其狡猾的手段来隐蔽自己，使普通用户很难在中毒后发觉。
笔记本中了木马病毒 还原系统能清除病毒吗？
一键还原能否完全清除病毒，要看病毒存在的位置。
1、病毒如果仅存在于系统分区中，那么通过一键还原的方式，是可以完全清除病毒的；
2、病毒如果存在于其它分区的某个文件中，即使通过一键还原恢复了系统，系统也只是暂时恢复正常，一旦运行含有病毒的文件，病毒代码会再次损坏操作系统。
这时，要彻底清除病毒，不但要采用一键还原的方法恢复系统，还要将其它分区重新格式化才可以。