黑客帝国几个问题
1.墨菲斯给尼奥的药丸不是干扰器，是追踪器，跟踪尼奥的位置，从而定位，从真实世界中找到他。不然中间转移的那段过程就没有办法解释了。不是机器人，是特工，或者说是一种类似防火墙的程序，他们不知道尼奥是救世主，估计就是把他认为是一个想要逃离母体的人，毕竟这样的人很多，特工的任务也就是这么做，所以这应该是常规的管理审查罢了。墨菲斯救走他是因为他自己想知道到底什么的母体而同意了他的做法而已，刚进到真实世界的时候他不是还不相信这一切想要逃避吗？
2.这个确实众说纷纭，楼主不用太纠结于此。
3.同上，非复制人类，而是附身，就像史密斯可以破解特工的代码复制掉特工以至于全世界的人都被他复制了，包括先知。进入真实世界的话是因为那个被复制的人原本就是真实世界的人，通过电话可以回去，也就是可以理解为史密斯的灵魂占据了这个身体，去了真实世界。
以上为个人观点，望楼主满意~
黑客帝国的几个问题：
史密斯通过电话线从虚拟的母体来到现实，这只是他的思想被注入到了贝恩的大脑内了，并不是他的本体来到了现实中。看看他用的还是贝恩的身体就知道了。类似于精神控制、洗脑之类的情况。人们能够通过脑后连线进入母体，用自己的脑电波在母体里体验各种几乎是真实的感觉，味觉，触觉还有痛觉。同样母体也能用一段脑电波通过有效的连接进入人脑，从而取代他们并支配他们的身体。
母体设计师设计制造了母体这个人工智能计算机和他的系统软件，就是母体世界，之后把自己的身体或大脑也连接到这台超级智能电脑上了，就像其他那些被当做能源的人们一样，身体被放在一个培养皿内，大脑却依然活在虚拟世界里，区别可能是母体之父的思想是自由的，没有被电脑安排在虚拟的身份过着虚拟的生活，他知道这个虚拟世界的一切，就像Windows系统里面的Admin（超级管理员）一样拥有所有的系统访问权和修改权。身体或大脑则是被安放在现实世界母体基地里面最安全的地方罢了。
史密斯特工本身只不过就是这个超级计算机里面的杀毒程序而已，只不过对于尼奥的恨意使他变化了（参考基因突变，原理找度娘自行补脑），从一个杀毒程序变成了一个超级病毒，会自动学习并升级，欺骗母体这个超级系统，使自己不能被母体清除。而尼奥就像我们现实世界里的黑客一样，能够进入不被允许进入的计算机内，任意浏览，修改里面的程序或文件。正好尼奥这个黑客可以制服史密斯这个病毒，所以他就提出了让母体不再进攻锡安，自己帮母体清除已经扩散的史密斯病毒。母体毕竟是一个超高级的智能计算机，但苦于自己的防御措施对史密斯已经无效，考虑到自己的生存情况，最终答应了尼奥的条件。
朋友关于最佳第六人的问题，这就是见仁见智了。一下是我个人观点：
之所以是这第六个尼奥成功了，是因为他是这部电影的主角，有主角光环，如果我们用前面那几个英年早逝的尼奥拍黑客帝国，不用三部曲，一部的120分钟都用不完就结束了。
再者，现实生活中的你，有没有经历过一些很惊险，或者当时没觉得如何，但现在回想起来却后怕的事呢？为什么我们站在这，有些人却变成了一块石碑（电视里面的公共事故多了去了，我们身边的活生生的例子也不少吧）。人们都有自己的世界，都觉得自己是这个世界的主角，其他人不过是龙套，正因为这样，我们才躲过了一次次的危难依然坚强而苦逼的活着。这是主观的。
客观的说，母体之父也在电影里提到了一点，他说一系列数学精确计算后本应该很完美很精确的得到一个自然和数，但偶尔也有些除不尽的质数，这也完美数学都没有解决的数据，就是我们常说的意外。可能六号尼奥就是个意外，他的一系列的选择，使他最终完成了其他尼奥没完成的事。这就像我们人一样，每个人都是特别的，都有自己的性格，脾气和梦想。绝对唯一。导演就像是故意安排，让没有任何束缚，自由自在，独一无二的人性和严谨的，完美的，循规蹈矩的科学做了一次对决。科学按步就班，循规蹈矩，绝不做程序设定以外的事。人性随心所欲，没有什么固定模式，决定就在一念之差。最终人性赢了，也昭示着人类赢了，不管是电影里的还是电影外的。
人类是伟大的，人也是最特么复杂的，比任何机器电脑都复杂。
黑客帝国的几个问题！
简单来说Matrix作为一个系统一定会出现BUG，而这些BUG积累到一定量就会引起系统的崩溃。所以尼欧作为“那个人”的目的就是把系统所有的BUG集中在自己身上，从而在BUG积累到极限时将其重置而不至于失控。所以尼奥这个人的力量是不遵循设计师所拟定的平衡法则而受到限制的。但是先知在史密斯（你说的墨镜大叔）死后又复活了他，并把他和“那个人”尼奥放在了同一条等式里。这样问题就来了：尼奥的作用是把所有的BUG集中在自己身上从而使Matrix的等式关系依然完美，但是先知这么一来就把这些BUG又重新带回了Matrix。这样显而易见的：史密斯（墨镜大叔）的能力随之而变强，并导致了系统的崩溃。
正如上文所言，尼奥和史密斯是等式的两端（换言之史密斯是尼奥的负数），尼奥被毁灭导致史密斯的存在性直接被否定。所以Matrix一切还原，最后和尼奥打的史密斯就是先知变的，所以史密斯不存在之后自然恢复成先知。至于为什么偏偏是先知变的史密斯和尼奥对决——你注意到一个细节了吗？史密斯冲进先知住所，把先知变成自己之后站起来哈哈大笑。这是因为史密斯在转化先知之后就知道了先知的代码，从而获得了先知的预测能力。但是先知骗了史密斯，因为那时史密斯只看到第三部结尾时尼奥躺在地上，而史密斯站着。这并没意味着史密斯会赢，因为当他战胜尼奥的时候他自己也就不存在了。这是先知给史密斯下的套，史密斯被先知复活并作为尼奥的负数有了毁灭一切的目标，但是这个“一切”却包含了史密斯自己，也就是说史密斯不惜毁灭世界来达成目标但是他的目标事实上却是自杀。所以史密斯说不公平。就像一个高中生天天只睡五小时每天做题做题学得半死不活，顺理成章的拿了高考状元，当他正高兴的时候各大学招生负责人突然告诉他状元视作零分录取从第二名算起，史密斯当时大概就是这种心情吧。
关于《黑客帝国》结局的几个问题？
1.为什么“先知”和“造物主”这些电脑程序都没消失？
没有消失，因为作为救世主的尼奥并没有消灭源程序(即造物主)。而是跟它达成一个协议，尼奥用自己的生命去帮助造物主消灭已经无法控制的史密斯，而造物主不再攻击锡安的人类。
2.真实世界本来是一片黑暗、肮脏的建筑物。为什么在结局处，“先知”她们看到的却是那么洁净的城市？
还有“先知”说“好美”，然后问那个女孩子“这是不是你做的”，这是什么意思？
首先，她们还是在母体中，不过不知道楼主有没有注意到，整个三部曲中，母体中的颜色都是泛着绿色的，只有锡安这个人类的根据地才是用的世界的本色。最后的日出，也是三部曲中唯一一次在母体中看到太阳，其实，这些都只是个象征，象征和平来了。至于先知对小女孩说的话，因为小女孩是程序，那些日出的美景其实也是程序造出来的，这样说也不为过。
3.电影里。是“造物主”控制Matrix，还是Matris控制“造物主”？或者说“造物主”只是Matrix里的一个工程师或者管理员？
造物主控制matrix(母体)，母体是他一手建造的，已经经过了好几代了。里面的一切都要受他的控制，只是后来史密斯成了病毒，已经超出了造物主的控制范围，所以只好接受尼奥的条件。
关于《黑客帝国》三部曲的问题
注意，1里面不是在机械城的核心地带。。而是地下水路。机器都在地面。。地下水路。只有少量的乌贼巡逻。。从1里面他们遭遇乌贼的情况就可以看得出来。 他们一直是在旧世界的地下水路。这个你应该能记得。。尼奥被救，是因为母体认为尼奥死了，因为尼奥吃下了那个药丸。所以母体断开连接，被当作死人处理。排入地下。。这个你能记住吧？ 基努里维斯光着身子，在管道离穿梭。。
关于你的第二个问题。。你这样的问题就等于是这样。。科学家告诉你宇宙是一次大爆炸产生的。宇宙是有限的，不是无限的。然后你问科学家宇宙外面是什么。本身没有意义这个问题。。
真实的世界是上面样子是无从回答的，谁也回答不了你。。本片这处表达的，是一种哲学思想。
关于这个哲学思想，也能解答，你第二个问题中人类到底存在不存在的问题。。
首先对这个问题怀疑的人是笛卡尔，可以说整部影片就是以笛卡尔的哲学思想为基础展开的。
笛卡尔，认识到，人认识世界不外乎靠人自身的5种感觉。加入这五种感觉是假的呢。这5种感觉是虚幻的呢？比如你做梦的时候，你被催眠的时候。尤其是被催眠。感觉异常真切，甚至能回忆起你清醒时候都记不住的小细节。如此的真事。结果，其实是虚幻的。笛卡尔认识到这个问题。
所以在第一个他的沉思里就讨论了到底什么是可信的。结果得出5感根本不可靠的结论。。
但是假如5感不可靠。我们所认为的真事世界，很可能就是一场梦境。。但是我们身为人类的本性，又希望能把握住确定的东西。。结果笛卡尔发现了。。他此刻在思考。不管这个世界的真实形态是什么样，不管这个血肉之躯到底存在与否。因为我们人类通过我们思考，可以确定一个最为基本的事实。就是，我思考，我存在。
这句著名的话，便是出自笛卡尔。 影片表现的也是这个思想。人类只能确认自身的存在，却无法把握真正的真实。真正的真相。得出的结论。不外乎自己的存在是真的。形态是确定不了的。可能你已经发现了。这正是整部电影哲学思想的基础。是以笛卡尔的哲学思想为基础的。所以，你说的最后的真实世界，不是导演能表现出来的。如果真的表现出来了，那也不是笛卡尔的思想了。这个思想的本身就是带有不确定性的。按照影片的象征意义。你的这个问题，真实世界到底是什么样，已经触碰到了神的领域。没有答案。
关于你的最后一个问题，我本身也稀里糊涂，但是建议你去骇客帝国贴吧，百度的。去看看。那里面对这个问题有所探讨，我也看了。但是我不是完全的认同这个看法。所以再此不向你多说。建议您自己去看一看。。呵呵。最后，祝您心情愉快
有关《黑客帝国》的问题，行家来。
1.那个法国佬是与先知同时出现的早期的程序，他们游离于；硬件与人脑之外，是独立的存在，不依靠任何载体。本来他是要被母体删除的，但是却并没有，而且他拥有独立编程的能力，他的手下大都是他编制的
2.意思就是我是这个母体的主机，一切程序都连接在我这里，母体是我计算并编制的，但是前期作品都不完善，都崩溃了。而前五任救世主中与你区别的是，他们都没有被编入爱的程序。你是第六任救世主，前五任都完成了他们的使命：带领锡安，从锡安的毁灭中升级母体，再挑选16女7男重建锡安，等待母体的下一次升级。你的崔尼蒂闯进了母体，她快死了，从这个门出去就可以救你的崔尼蒂，从这个门出去就可以救人类
3.先知是个程序，她（暂且用她吧）从没有干预现实，只是引导人心，从头到尾先知是最大的干预者，她掌握着全局，他没有回到现实吧，你是说她回到了起始状态，而没有被史密斯感染。哦，史密斯被删除了，当然就恢复了原样了
4.先知要和平，不希望战争继续，所以他需要史密斯强大，以便让AI无法在控制母体，是母体失去平衡，迫使AI与尼奥达成协议，从而终止战争
5.尼奥死没死不确定，因为大部分借读的人都认为锡安的世界也是一个虚拟世界，因为机械乌贼竟然被尼奥组织了，尼奥还有预知能力，以及尼奥说：我感觉到了、还有史密斯侵入了人脑、崔尼蒂看着尼奥阻止机械乌贼面露不可思议的表情（似乎潜台词是：怎么会这样，锡安...）。
黑客帝国的几个问题？
我不能说我完全解释你问的问题，只是大概提供个思路，见笑了。
三部电影看下来之后，楼主应该知道，所谓的”救世主“根本就是”Matrix“的设计者的精心安排。Neo回到源代码的那一段中，设计者说“救世主”和锡安城是它在总结前几个Matrix失败的经验后的设计，目的是为了剔除出Matrix中那些强烈想要挣脱束缚，从而导致系统崩溃的人类。同时为了阻止过多的人类被解放，锡安城也要“定期”被摧毁，而“救世主”的任务就是在锡安城被摧毁后，带着23个人类重建锡安城（从这里就可以看出来，墨菲斯以及其它相信所谓”救世主“预言的人们都太天真了）。“救世主”之所以要回到源代码，是因为他携带者“Matrix”的主程序的代码，他要把这段代码注入“Matrix”，否则整个系统就会崩溃，大家就都死翘翘了。
下面就是我的猜测了。如果Neo像设计者所说，携带着至关重要的代码的话，那么他就不会是真正的人类。就像通过电话到达现实世界的Agent Smith一样，Neo也是Matrix的一部分，他的”灵魂“的一部分也是程序。正常人在Matrix里要遵守物理定律，但是Neo不需要，因为程序本身就是这样设计的。现实中的Neo可以放倒乌贼哨兵也是因为他和Matrix的这种关联。至于为什么会被卡在Matrix和现实之间，大概是因为对这种能力的掌握还不足够，或者用墨菲斯的话说，不“相信”自己拥有这种能力。在第三部中，我们看到Neo可以引爆无数的炸弹，因为这是的Neo已经完全“相信”自己的能力。
至于第二个问题，第三部开头电影就交代了，是墨菲斯，崔妮蒂等人逼迫Matrix中一个走私程序的程序将Neo解救了出来。
第三个问题，按照前面所说，现实中Neo的眼睛瞎了，但是意识中和Matrix相连的那一部分还是可以感知Matrix的。证据就是，他可以看到机器人的城市和Agent Smith却看不到Trinity。
关于《黑客帝国》的几个问题。
你问的问题，几千字都解释不了，我只能简单说说
1.佩瑟芬是公爵梅罗纹奇的妻子，梅罗纹奇是MATRIX系统内的又一个超级神秘人物，他把自己象“先知”那样隐藏在系统中，如同回收站，收集非法程序，同时他也拥有改写系统程序的能力。但是，他并不是站在NEO这边。他住在矩阵系统内的一座城堡里，沉迷于一切奢华的东西。然而，他唯一缺少的便是感情；俗话说，得不到的才是最好的，他也最热衷于沉迷在感情的虚像里。佩瑟芬是这样一位Dracula公爵似人物的妻子。熟悉希腊神话的同志们都知道，佩瑟芬乃希腊神话中的“丰饶之神”，是主神宙斯和女神底米特之女，后来该仙女在玩耍的时候不小心被冥王哈第斯绑架，半推半就地做了后者的王后。电影中的佩瑟芬极其性感迷人，虽然她本身没有感情，但是只要她接触了某人，就会立刻感知对方的内心世界。但是她具体有什么能力，电影没说
2.史密斯感染了先知当然更强了，设计师都拿他没办法，只好让尼奥上马，玉石俱焚，但先知毕竟是主程序之一，事实上史密斯没有“消化”掉她，所以死了之后，先知的躯体又显露出来，史密斯感染先知后有了预知能力，可能感觉自己最后的失败，所以害怕
3.先知的扮演者飞机失事死了，所以换人，电影里就说她为了逃避机械城主的追杀换了躯壳
4.女孩是两个机械城程序的下一代，她也有主程序的代码，用我们的话说，是属于基因突变的天才，你说的继任者什么的电影均没有说明
5.这个问题太复杂了，牵涉到锡安的真实存在性，其实整部电影没有没有什么所谓虚拟和现实，都是虚拟的，锡安也是 我只能说，没有和平，历史将不断重现，因为这就是程序本身设计的
关于锡安的真实性，感兴可以参考这个帖子
http://tieba.baidu.com/f?kz=528817605
最后我想说一下，黑客帝国的动画很好，能解释很多东西，是电影的一个补充，比如里面有一部全3G动画，超炫，而且还是黑客3的前传